多くの方々の応募の中から、川﨑由美子さん（保護者）が提案したロゴマークが採用されました。

川﨑さんのコメント

赤鬼魂の「先駆者精神」、「先頭に立ち活躍」、「新分野を切り開く」、「何事にも屈しないチャレンジ精神」から、熱く躍動的であることをイメージできるように赤を基調としました。また、もしも、目標を見失いそうになってしまったら、そっと「赤鬼魂」を傍らに置き、安心して心と身体（からだ）を休めることもできる東高であっていただきたいと考えました。赤鬼魂が「熱く燃える赤」なら、こちらは「温かさと優しさの赤」です。赤を基調にしたもう一つの理由です。　そして、すばらしい歴史と伝統を築いてこられた方々へ敬意を表して歴代の校章を、また、彦根東高校のシンボルである銀杏の葉をあしらいました。誰もが夢と志をもち、新しい世界に向かっていけるよう、現在の校章は大きく輝いて見えるようにしました。　これからも、彦根東高校に携わるすべての物事が円満であること、彦根東高校でのよき出逢いが増え、縁がさらにつながっていくよう願いを込めて、円を多く使用したデザインにしました。